Les effets des hormonothérapies croisées (ARV + hormones) sont encore aujourd'hui peu connus. Cependant, les traitements hormonaux des personnes transgenres causant des fluctuation hormonales, il est nécessaire de contrôler le traitement avec le suivi d'un endocrinologue. Les ARV agissent également sur l'activité hormonales du corps et peuvent se mettre en place des dynamique d'inhibition ou d'induction des taux hormonaux. Il est donc primordial de faire suivre l'hormonothérapie croisée par un endocrinologue compétent qui serra en mesure d'adapter les dosages respectifs afin que les deux traitements soit efficaces et sains. 

Les effets des ARV sur les personnes transgenres masculines hormonées sont encore très peu connus. Pour ce qui est des personnes transgenres féminines hormonées, les effets sont à étudier mais il est noté qu'un mauvais contrôle de l'hormonothérapie croisée peut provoquer un plus grand risque d'insulino-résistance, de diabète sucré et d'hyperlipidémie mixtes.